Die physikalische Untersuchung ergibt in vielen Fällen wichtige Hinweise auf die Ätiologie der Infertilität. Ein eunuchoider Habitus verbunden mit Großwuchs kann durch ein Klinefelter - Syndrom bedingt sein. Eine echte Gynäkomastie, die von einer Lipomastie bei Übergewichtigen zu unterscheiden ist, kann ihre Ursache in einer primären Hodenerkrankung oder in einer Störung der Hormonachse (Hypothalamus - Hypophysen - Hoden) haben.

Durch das Vermessen der Hodengröße ist es möglich zwischen primärer Hodeninsuffizienz (kleine Hoden) und posttestikulärer Ursache einer Azoospermie zu differenzieren (Obstruktion: normal große Hoden). Normal große Hoden sind im Längsdurchmesser über 3,6 cm lang und haben ein Volumen von über 14 ml. Die Messung der Hodengröße kann mit einem Orchidometer oder mit dem Small-Part Ultraschall erfolgen. Nach der Palpation der Hoden, durch die in einigen Fällen auch Hodentumore festgestellt werden können, werden die Nebenhoden und die Samenstränge palpiert. Indurationen im Bereich der Nebenhoden können die Folge einer abgelaufenen Epididymitis sein und auf eine Verschluß-Azoospermie hinweisen. Bei einem weiter Richtung Prostata gelegenen Verschluß, kann der Ductus deferens (Samenleiter) ein- oder beidseitig verdickt tastbar sein. Ein überhaupt nicht tastbarer Ductus deferens (Agenesie) kann genetisch bedingt sein und kann gemeinsam, aber auch als alleiniges Symptom einer Mukoviszidose vorkommen. In jedem Fall sollte bei einem nicht tastbaren Ductus deferens eine genetische Abklärung eingeleitet werden (CFTR Mutation).

In aufrechter Position stehend findet man bei 18 bis 35 % eine Erweiterung der Venen des Plexus pampiniformis, die sich beim Preßversuch deutlich verstärkt. Wenn man eine Varicocele findet, dann ist sie in 95% der Fälle auf der linken Seite, in 4% beidseitig und in nur 1% nur auf der rechten Seite ausgebildet. Eine Varicocele kann zu einer Verkleinerung des betroffenen Hoden führen und unabhängig vom Stadium die Ejakulatqualität beeinflussen. Vor der Behandlung einer Varicocele sollte bei Erwachsenen ein Spermiogramm durchgeführt werden. Gelegentlich kann eine Varicocele Symptome (Schmerzen) verursachen, dann ist eine Behandlung auch ohne Spermiogramm sinnvoll.

Eine digitale rektale Untersuchung der Prostata gibt Hinweise auf eine abgelaufene oder bestehende Prostata Entzündung. Eine sehr kleine Prostata kann man bei Patienten mit Klinefelter- Syndrom oder Androgen - Defizit finden. Bei der Untersuchung des Penis ist auf Veränderungen zu achten, die eine normale Deposition des Ejakulats in der hinteren Scheide unmöglich machen (Hypospadie, Epispadie, Penisdeviation, Phimose).

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